Beth Shalom wurde 1995 gegründet, nachdem sich seit 1992 um Susan und Georg Stein eine Gruppe liberaler Jüdinnen und Juden zu Gottesdiensten und Religionsunterricht zusammengefunden hatte. Bereits im Gründungsjahr trat die Gemeinde der World Union for Progressive Judaism (WUPJ) bei und beteiligte sich gemeinsam mit Persönlichkeiten wie Rabbiner Walter Jacob und Rabbiner Walter Homolka am Aufbau des progressiven Judentums im deutschsprachigen Raum.
In den folgenden Jahren entstanden die zentralen Strukturen der Gemeinde: Religionsunterricht, Bat Mizwa und Chuppa, ein eigenes jüdisches Gräberfeld sowie eine regelmäßige rabbinische Betreuung – unter anderem durch Moshe Zemer, Edward van Voolen, Walter Rothschild und seit 2006 durch Rabbiner Dr. Tom Kučera. Zwischen 2014 und 2024 prägte zudem Kantor Nikola David s“l (1969-2024) das musikalische und liturgische Leben der Gemeinde.
Mit dem Bezug eigener Gemeinderäume (2003), mehreren Torarollen, dem Entwurf einer Synagoge durch Daniel Libeskind sowie dem Umzug nach Mittersendling (2011) entwickelte sich Beth Shalom zu einer festen Größe des liberalen Judentums in München.
Zum 20-jährigen Bestehen zählte die Gemeinde bereits 43 Geburten, 32 Bar- und Bat-Mizwot.